이 문제는 바이러스때문이 아닌것 같은데, 공연히 바이러스때문이라고 의심하셔서 고생하고 계신것 같습니다.
제가 설명드린 과정은, 익스플로러의 인터넷옵션의 "고급" 탭에 있는 "원래대로" 로 초기화하라고 한것이 아니었구요...

인터넷옵션->일반->검색기록의 "삭제" 옵션에 가셔서 쓰레기파일 즉,
- 임시 인터넷 파일
을 모두 삭제하시면 된다는 말씀입니다. 이 파일들은 더 이상 사용되지 않는 말 그대로 쓰레기 파일들인데, 이 인터넷 임시파일 저장공간을 네이버 이메일도 같이 사용을 하게 되는것 같은데, 이 공간이 쓰레기 파일로 꽉 차 있을 경우, 네이버 수신이메일이 사용할 수 없어서 읽히지 않는다는 말씀이니 이를 삭제하셔서 공간을 확보해 주면 네이버 이메일이 정상적으로 읽히게 될 것으로 생각합니다.