제가 사용하는 무식한 방법을 알려드리면...
1) 한쪽파트를 먼저 녹음합니다.(예: 1st.mp3)
2) 녹음된 파일을 이어폰으로 들으면서 다른 파트를 동일한 방법으로 녹음합니다.(예: 2nd.mp3)
3) 사운드편집프로그램(저의 경우는 사운드포지)를 이용해서 1st.mp3, 2nd.mp3 두 파일을 연 후, 2nd.mp3의 오른쪽 채널을 카피해서 1st.mp3의 오른쪽 채널에 복사해넣습니다.

이렇게 하면 100% 분리된 스테레오 녹음을 얻을 수 있습니다. 이렇게 하면 음이 왔다갔다 정신이 좀 없어집니다.

4) 사운드포지의 경우에는 pan/expand 메뉴를 이용해서 양쪽채널을 섞어주면 됩니다.

이런 방법이 하나 있구요... (이건 좀 무식한 방법인 것 같습니다)

다른 방법은 쿨에딧트 등의 멀티트랙 녹음이 가능한 프로그램을 이용해서 파트=트랙 개념으로 녹음하는 방법이 있습니다. 이건 제가 겨우 한번 해본 경험이 있어서 자세히 설명드리지는 못하겠네요.

도움이 되시면 좋겠어요. 언제 이중주 들어볼 수 있을까요? ^^;