중세 오르간 구조에 대해서는 역시 오랫동안 의문이었고, 종래 숱한 문헌(논문포함)을 뒤졌지만 이에 관한 상세한 자료를 발견하지 못했습니다. ㅡ 어쩌면 아직 이에 관한 연구가 미흡한지도 모르겠습니다만...

단지 기존 자료를 토대로 해서 종합적으로 추정해보면, 첫째, 11세기 귀도 시절에는 피타고리안 조율법을 기반으로 하는 6음음계가 사용되었고, 둘째, 6음음계는 옥타브에 도달하기 직전에 다른 주음을 가진 인접음계로 이동하는 체계(조바꿈/조옮김과 유사)로서 열린음계이며, ㅡ 음계7음(이끔음)이 없다. 셋째, 당시에는 tritone을 싫어해서 피하고자 했으므로, 이론상으로는, 그 과정에서 현재 쓰고 있는 모든 음이 구성됨에 따라, 당시 오르간은 현재의 12음(또는 그 이상)을 다 가질 수 있게 됩니다. ㅡ 단, 음명 호칭은 같더라도 피타고리안이어서 각 음계성음의 절대음고(주파수)는 지금과 다르다.

그러나 그 음들을 발성시킬 수 있는 오르간 구조/방식(예: 파이프, 리드 등)과 그 부품/소재라든지, 기술수준, 필요성, 수요 등은 별개의 문제이므로, 11세기 당시의 건반구조와 각 음고를 파악하는 것은 간단한 일이 아닌 것 같습니다.

한편, 중세 교회음악에 사용하던 당시 오르간은 70여명의 장정이 공기를 불어넣어야 할 정도로 엄청나게 크고 음량도 요란했다 하며(예: 15C 영국 윈체스터 성당 오르간), 요즘도 그걸 재현하는데 평생을 바치기도 하는 모양입니다. 자료를 토대로 추측컨대, 11C 교회에서 사용된 대형 오르간을 기준으로 한다면, 여러 피타고리안 음계/조들을 같은 시점에서 연주할 수 있도록 2~3단 정도의 건반계층이 있다든지, 또는 여러 음이 나열된 이유로 길이가 길어서 2명이 같이 연주해야 한다든지, 또는 부속 기계장치로써 몇 종류의 음계(예컨대 B/Bb-Hexachord) 음정을 구사할 수 있도록 조절할 수 있지 않았을까 합니다.

확실한 것은, 14세기 말경에는 현재 오르간의 구조/배열과 거의 같은 것이 개발되었다 하며, 1500년경에는 건반 크기도 현재와 거의 비슷해졌다 합니다.