말씀하신 그 부분은 코드가 E장조의 버금딸림 화음 즉, B7 입니다.

B7의 화성 구성은 E장조의 솔 시 레 파 즉, B D# F# A 가 됩니다.

따라서, 근음이 B를 사용하는것이 일반적이 방법인데 이 곡의 흐름을 보면 바로 2째마디에서 멜로디가 미레도 로 내려오는데
아래 반주는 낮은 도 E 를 연주 합니다. 하지만, 일반적인 멜로디로 적용하면 반주부가 도 레 미 로 올라가면서 적용을 하면
즉, 위의 멜로디가 미레도 로 내려올때 아래 반주부가 도레미 로 올라가면 문제의 3번째 마디에서 파 즉, A 가 됩니다.

imp028의 글메서 예페스의 경우는 2번째 마디는 E 세번째 마디는 F#으로 반주부의 멜로디를 그냥 3박자씩 도, 레 로 한 경우이겠지요.

즉, 반주부의 멜로디 해석에 따라 조의 자리바꿈을 한것이죠. 편곡자의 곡 해석에 따라 다소 달라지게 된것이죠.

화성은 변하지 않고 근음의 적용이 바뀐것 입니다.

조의 자리바꿈은 화성은 변화지 않고 구성음의 위치가 바뀌는것을 말합니다. 즉 B7의 화성의 구성음 B D# F# A 의 위치가 바뀌는것을 말합니다.

화성의 구성음 모두가 근음이 될수 있다는 이야기 입니다.

따라서, 베이스부를 A 로 사용한것이나 B, 또는 F# 을 사용한것 모두가 맞는것 입니다.

어떻게 연주하는가는 연주자 마음이겠죠. 위 설명중 A를 사용하게 된 경위의 이야기는 만약 제가 편곡을 하게 했을경우 생각 하게 되는것을 말씀 드린것이며
그 내용은 편곡자 마다 해석이 다를수가 있습니다.

참고로 저의 경우는 A를 사용합니다.

우선 B7은 E 메이저의 버금딸림 화음이 아니라 딸림 7 화음이고요, 고전적인 화성학에서 딸림 7화음의 베이스에서 제 3전위인 7음 베이스(여기서는 A)는 웬만하면 잘 쓰이지 않습니다. 만약에 7음이 쓰였다면 앞뒤로 자연스러운 베이스의 선율적 진행이 있어야(7음 베이스는 다음에 으뜸화음의 3음으로 해결하는 것이 좋겠죠. 즉 G# 음.) 편안한 흐름이 될 것입니다. 물론 여기서 다음에 올 베이스 음이 B로 순차진행하기는 하지만 앞뒤 관계를 봤을 때 B 음이나 B7화음의 5음인 F#으로 하는 것이 일반적으로 더 자연스럽게 들리는 선택이라 할 수 있겠습니다.
어느 것이 정답이다라고 말할 수는 없지만 화성학이란게 자연스러운 화성 흐름의 통계라고 볼 수 있는만큼, 듣는 사람에게 더 자연스럽게 느껴지는 쪽으로 하시면 됩니다.